Als Grundlage für die Darstellung des Status quo wurden im Zeitraum von 1990 bis 1996 die Brutbestände der verschiedenen Vogellebensräume auf Sandinseln, in Vorländern, Zwischendeichsgebieten und deichnahen ehemaligen Außendeichsflächen (Nordkehdingen) sowie in den tidebeeinflußten unteren Abschnitten der Nebenflüsse erfaßt. Aufgrund der bekanntermaßen hohen Bedeutung des Elbeästuars für die Brutvogelfauna und der zu erwartenden hohen Sensibilität der Vogellebensräume wurde eine flächendeckende Erfassung durchgeführt. Der überwiegende Teil der Daten stellt die Situation der Brutperioden 1993 und 1994 dar. Nur wenige Gebiete wurden vorher und nur einzelne in den Folgejahren erfaßt.
Der Untersuchungsrahmen sah eine quantitative Bestandserfassung der gefährdeten Arten und weiterer typischer Küstenvögel vor. Das übrige Artenspektrum wurde qualitativ erfaßt (s. Tabelle 8). Die Bewertung der Untersuchungsergebnisse differenziert Brutvogel-Lebensräume internationaler nationaler, landesweiter sowie regionaler und lokaler Bedeutung für gefährdete Arten. Zusätzlich wird die Situation ästuartypischer Arten insbesondere der Leitarten der charakteristischen Lebensraumtypen dargestellt, um Defizite, Beeinträchtigungen und akute Gefährdungen aufzuzeigen. Für diese Artengruppe und die besonders gefährdeten Arten der Vogelgemeinschaften sind Auswirkungen des geplanten Eingriffs am wahrscheinlichsten und folgenschwersten.
Von der Biologischen Station Osterholz (BIOS) wurde unter Leitung von K. Schröder das linksseitige Außen- und Unterelbeufer zwischen der Hamburger Landesgrenze bei Cranz elbabwärts bis nach Sahlenburg sowie die Inseln Schweine-/Neß-/Hanskalbsand, Lühesand, Schwarztonnensand, Neuwerk, Scharhörn, Nigehörn und die unteren Abschnitte der Elbe-Nebenflüsse Este, Lühe, Schwinge und Oste bearbeitet. Auch das Zwischendeichsgebiet Wischhafener/ Kraut-/Gauensieker/Asseler Sand und das Binnendeichsgebiet Nordkehdinger Außendeich zählten zum Untersuchungsraum. Etwa zwei Drittel des niedersächsischen Elbufers konnten aus bereits vorhandenen aktuellen Kartierungen übertragen werden.
Das schleswig-holsteinische Ufer von Trischendamm bis zur Landesgrenze mit Hamburg sowie die Inseln Pagensand und Rhinplate und die Nebenflüsse Stör, Krückau, Pinnau und Wedeler Au in ihren Unterläufen wurde von K. Lutz (Hamburg) kartiert. Auch die Insel Bishorster Sand/Auberg/Drommel und die Wedeler Marsch gehörten zum Untersuchungsgebiet, wurden aber ebenso wie die Daten des NSG Haseldorfer Binnenelbe, von St. Margarethen und dem Spülfeld Glückstadt-Süd von früheren Kartierungen anderer Bearbeiter übernommen.
Der Bereich zwischen Staustufe Geesthacht und den Autobahnbrücken der A1 in Hamburg wurde von G. Bardowicks (Lüneburg) bearbeitet. Dieses Gebiet schloß auch die Ilmenau in ihrem tidebeeinflußten Abschnitt mit ihrem großen und sehr wertvollen ehemaligen Mündungstrichter ein. In einigen Binnendeichsgebieten, wie den Borghorster Wiesen, der Seeve-Mündung und auf dem hochgelegenem Stover Werder wurden ebenfalls Kartierungen vorgenommen.