Im Untersuchungsgebiet wurden auf der gesamten Fläche gefährdete und gebietstypische Brutvögel, insbesondere alle Arten innerhalb von Küstenvogelkolonien im Rahmen einer modifizierten Revierkartierung quantitativ erfaßt, alle übrigen Arten qualitativ. Die Modifizierung der Revierkartierung bedeutet eine zusätzliche Beachtung von Bruthinweisen, die zu genaueren Ergebnissen führt, da Durchzügler und Brutvögel besser unterschieden werden können (s. u.).
Allgemeine Arbeitsgrundlage für die Brutbestandserfassung waren die methodischen Vorgaben von Oelke (1980; in: Berthold, Bezzel & Thielcke: Praktische Vogelkunde, Greven). Weitere Grundlagen für die Organisation der Feldarbeiten und die Auswertung der Kartierung waren die Anleitungen zur Brutbestandserfassung von Brunckhorst et al. (1988), Hälterlein & Fleet (1994) sowie von Gnielka (1990, 1992). In Schleswig-Holstein wurden auch unveröffentlichte Arbeitsanweisungen der Brutvogelatlaskartierungen der norddeutschen Bundesländer herangezogen.
Die Methoden differierten im Untersuchungsraum hinsichtlich der Kartierhäufigkeit. In Niedersachsen wurde auf besonderen Wunsch der dortigen Behörden und Fachgutachter mit 6 Begehungen kartiert, da zwei Drittel der zu kartierenden Flächen bereits mit sechsmaliger Begehung erhoben waren und uns diese Daten zur Verfügung gestellt wurden. Zur Vereinheitlichung der Datengrundlage haben wir uns daher in der Untersuchungsmethodik angepaßt.
Der Untersuchungszeitraum in Niedersachsen erstreckte sich vom 1. April bis zum 15. Juli der Jahre 1993 und 1994. Einzelne Nachuntersuchungen wurden noch 1996 notwendig, nämlich westlich von Cuxhaven und auf Hanskalbsand. In einer Saison wurden mindestens 6 Begehungen durchgeführt. Die engere Zeitspanne für die Brutbestandserfassung der einzelnen Arten wurde im wesentlichen so gewählt, daß der Höhepunkt der Balzaktivität registriert wurde, die Mehrzahl der Paare brütete oder ein Revier besetzte. Dadurch konnte die Erfassung von Durchzüglern oder von Paaren, die frühzeitig ihre Brut (außerhalb des Untersuchungsgebietes) abgebrochen hatten, weitgehend vermieden werden. Abweichend von der sonst üblichen Revierkartierung wurden zur Absicherung des Brutvogelstatus der einzelnen Arten (insbesondere der Singvögel und Wasservögel) nach Möglichkeit auch Brutnachweise durch das Füttern bzw. Führen von nicht-flüggen Jungvögeln erfaßt.
In Schleswig-Holstein und Hamburg wurde nur eine dreimalige Begehung durchgeführt. Dieses Vorgehen entspricht dem von Brunckhorst et al. (1988) für Küstenvögel vorgeschlagenen. Eine dreimalige Erfassung der Vogelwelt ist nach Reck (1992) hinreichend, den Wert einer Brutvogelgemeinschaft im Rahmen einer UVU zu erkennen. Hinweise auf eventuelle Besonderheiten wurden durch eine ergänzende Durchsicht der Literatur gesucht. Das Vorgehen der dreimaligen Kartierung wurde mit dem Landesamt für Naturschutz in Schleswig-Holstein abgestimmt.
Um die Wat- und Küstenvögel zu erfassen, wurde jedes Gebiet 1993 dreimal in den von Fleet & Hälterlein (1993) vorgeschlagenen Zeiten begangen (10. 30. 4 / 1. 20. 5. / 21. 5. 20. 6. jeweils im Zeitintervall 3 Stunden vor Niedrigwasser bis 3 Stunden nach Niedrigwasser). Einzelne Nachträge (Wedeler Au) werden 1997 bearbeitet. Die Zahl der Brutpaare wurde nach den in Brunckhorst et al.. (1988) und Fleet & Hälterlein (1993) für jede Art genannten Kriterien (revieranzeigendes Verhalten, Anwesenheit bei Niedrigwasser etc.) ermittelt.
Einige Artengruppen, in unserem Fall besonders die röhrichtbewohnenden Rallen und die Entenvögel, sind quantitativ nur mit sehr großem Aufwand (Klangattrappe, mehrere Nachtexkursionen) zu erfassen. Da aus den anderen Gruppen aber genug Informationen zur Bewertung der Gebiete erwartet werden konnten, reichen Einzelfunde dieser "schwierigen" Arten aus. Nachtexkursionen wurden z. B. auf Pagensand und der Rhinplate durchgeführt.