Gemäß Planfeststellungsbeschluss sind die Entwicklungen der Sportboothäfen Hetlingen und Brunsbüttel sowie die den Industriehäfen Bützfleth und Cuxhaven zu untersuchen und zu bewerten. Um die Entwicklungen mit Häfen an anderen exponierten Stellen vergleichen zu können, untersucht der TdV zudem die Sportboothäfen Haseldorf und Elmshorn sowie Mitte 2003 bis Mitte 2004 die Sedimentationsentwicklung im Hafen Neuenschleuse. Die kompletten Ergebnisse der Untersuchungen sind auf der CD 3A dokumentiert.
In allen Häfen an der Unterelbe sind die Sohlentwicklungen nicht natürlicher Art, sondern überlagert durch Spül-, Bagger- oder Eggvorgänge. Dazu kommen die Wirkungen der ein- und auslaufenden Schiffe, so dass es fast unmöglich ist, ausbaubedingte Wirkungen der letzten Fahrrinnenanpassung der Elbe den sich entwickelnden Topographien zuzuordnen. Dies ließe sich nur über die aus dem Hafen entfernten Baggermengen in Kombination mit der Beobachtung der Topographie ermitteln. Da dem TdV jedoch kaum Daten zu Baggermengen vorliegen, kann nur die sich entwickelnde Topographie beschrieben werden.